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陈飞决定迅速把系统给他的奖励付诸实践。
他的目光扫过桌上的实验笔记本,一切看起来都准备就绪。
这篇文章主要是分析RNA-seq数据,以评估不同肝细胞癌患者与健康对照组的RNA表达情况。
我们得从头开始解释一下,RNA是啥。
RNA,全称为核糖核酸(RibonucleicAcid),是遗传信息在细胞中的重要载体。
DNA,或者说脱氧核糖核酸,是生命中最核心的信息载体,负责存储所有的遗传信息。它就像一个大老板,掌控着一切。
然而,这个大老板的工作方式非常大老板——它拥有所有的决策权,也从不亲自下场干活。
DNA不会直接合成生命所需的蛋白质,而是需要“翻译员”和“信使”来帮忙。
这个信使,就是RNA——核糖核酸。DNA负责储存所有的遗传信息,但它不能直接参与蛋白质的合成。
RNA从DNA上复制出特定的基因信息,然后带着这些信息离开细胞核,到达细胞质中的小弟“工厂”——核糖体,在那里按照基因的指令生产蛋白质。
蛋白质,说白了,是一组由氨基酸构成的大分子。虽然它们的组成看起来没那么复杂,但功能可就复杂得多了。
蛋白质是生命的“多面手”,它们几乎参与了所有的生物过程。
因此,进行RNA表达分析,实际上可以揭示它受到哪些基因调控,又影响了哪些下游发挥功能的打工人蛋白质,可谓是承上启下,对于揭示疾病的分子机制至关重要。
而他现在要做的,就是利用这些RNA-seq数据,找到那些在肝细胞癌中异常表达的基因。
RNA-seq是一种利用下一代测序技术(NGS)来捕获和量化样本中所有RNA分子的技术,它能让科学家们在分子水平上解码细胞如何运作,以及癌细胞和健康细胞有何不同。
“对,就是它。”陈飞将目光聚焦在数据分析上,屏幕上闪烁着成百上千条RNA序列的信息。
系统以肝细胞癌作为切入点,因为这种癌症在全球范围内高发,而且致死率高,需要更有效的治疗手段。
这种癌症是全球第六大最常见的癌症,同时也是癌症相关死亡的第三大原因。
HCC(HepatocellularCarcinoma,肝细胞癌)与慢性肝病密切相关,尤其是乙型肝炎和丙型肝炎的感染。
由于肝脏是人体的主要解毒器官,肝细胞癌的发展与遗传突变、环境因素和病毒感染等多种复杂机制相关。
为了研究这些机制,陈飞决定利用系统提供的实验思路,将现代生物信息学和孟德尔的随机化思想结合起来,找出与肝细胞癌相关的关键基因。
这对于后续开发出有效的治疗方法有很大的意义。
设计实验的第一步:获取RNA-seq数据
陈飞抱紧系统大腿,快速打开了公开数据平台“GEO数据库”,这里有大量的公开生物学数据,其中就包括RNA-seq数据。
他选择了几组肝细胞癌患者的样本,并找到相对应的健康对照组的数据。
这一步非常关键。RNA-seq数据庞大而复杂,需要通过严格的筛选和清洗,才能得出有效的差异表达基因(DEGs)。
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